ولد بالمدينة في الثالث من شعبان و قيل لخمس خلون منه سنة ثلاث أو أربع من الهجرة و روى الحاكم في المستدرك من طريق محمد بن إسحاق الثقفي بسنده عن قتادة أن ولادته لست سنين و خمسة أشهر و نصف من التاريخ و قيل ولد في أواخر ربيع الأول و قيل لثلاث أو خمس خلون من جمادى الأولى و المشهور المعروف أنه ولد في شعبان و كانت مدة حمله ستة أشهر.
و لما ولد جي‏ء به إلى رسول الله صلى الله عليه وآله فاستبشر به و أذن في أذنه اليمنى و أقام في اليسرى فلما كان اليوم السابع سماه حسينا و عق عنه بكبش و أمر أن تحلق رأسه و تتصدق بوزن شعره فضة كما فعلت بأخيه الحسن فامتثلت ما أمرها به و عن الزبير بن بكار في كتاب أنساب قريش أن رسول الله صلى الله عليه وآله سمى حسنا و حسينا يوم سابعهما و اشتق اسم حسين من اسم حسن.
و روى الحاكم في المستدرك و صححه بسنده عن أبي رافع رأيت رسول الله صلى الله عليه وآله أذن في أذن الحسين حين ولدته فاطمة (و بسنده) عن جعفر بن محمد عن أبيه عن جده علي عليه‏السلام و صححه أن رسول الله صلى الله عليه وآله أمر فاطمة فقال زني شعر الحسين و تصدقي بوزنه فضة و أعطي القابلة رجل العقيقة. (و بسنده) أن رسول الله صلى الله عليه وآله عق عن الحسن و الحسين يوم السابع و سماهما و أمر أن يماط عن رؤوسهما الأذى.و بسنده عن محمد بن علي بن الحسين عن أبيه عن جده علي بن أبي طالب قال عق رسول الله صلى‏الله‏عليه‏ وآله عن الحسين بشاة و قال يا فاطمة احلقي رأسه و تصدقي بزنة شعره فوزناه و كان وزنه درهما و بسنده أن النبي صلى الله عليه وآله عق عن الحسن و الحسين عن كل واحد منهما كبشين اثنين مثليين متكافيين.